Au milieu du 19e siècle, l’amélioration du transport maritime et l’avènement du chemin de fer entraîne l’essor du commerce français. Au Havre, le trafic portuaire augmente brutalement. Le nombre des mouvements de navires passe de 8000 à 13 000 entre 1836 et 1847. Dans le même temps, leur jauge totale triple. Cette expansion nécessite la construction de nouveaux bassins à flots dotés d’entrepôts pour assurer la réception et le stockage des marchandises à l’importation (café, coton, épices…) comme à l’exportation (blé, tissus, articles de Paris…). Le bassin Vauban, obtenu par l’élargissement du canal Vauban est inauguré en 1841 mais véritablement achevé en 1843. La même année, le négociant Joseph Périer sollicite l’architecte havrais Ladvocat pour édifier à l’extrémité ouest de l’actuel quai Frissard les premiers magasins du bassin Vauban, un bloc de 12 entrepôts avec passages (aujourd’hui disparus) totalisant 6 112 m². Tous sont loués par ville du Havre au fur et à mesure de leur achèvement. Le décret du 17 juin 1854 concède à la ville le dock-entrepôt, avec une première tranche de 40 000 T. En novembre de la même année, la ville rétrocède à la société anonyme des Docks-Entrepôts constituée autour de Périer, la concession des terrains situés à l’est du quai pour édifier une nouvelle série de magasins le long du bassin Vauban. Le hameau de la Nouvelle Félicité est rasé pour faire place à l'établissement qui doit s’étendre sur 30 000 m². La première tranche des travaux est confiée en 1857 à Louis Lemaître et Charles Burton, respectivement architecte et ingénieur de la Compagnie des Docks-Entrepôts. En 1858, elle certifie qu'elle a fait couvrir de magasins ou déposer en chantiers la totalité des terrains mis à sa disposition par l'Etat. Deux chaudières à vapeur avec une cheminée culminant à 26,60 m sont installées pour assurer le chargement et l'emmagasinage des marchandises que complètent deux moulins broyeurs à sucre raffiné. La liaison ferroviaire avec la gare est ouverte en 1859 et la Compagnie, qui a déjà dépensé 7 MF, adopte un plan d'ensemble de constructions supplémentaires pour 4 MF, afin de porter la contenance de ses magasins de 40 000 à 130 000 T. A l’issue de cette première tranche de travaux, réalisée entre 1858 et 1860, les docks comptent 144 magasins qui offrent une surface de stockage de 14 800 m², soit une capacité de 40 000 T de marchandises.

En 1859, le prolongement du chemin de fer jusqu’aux docks stimule l’activité et entraîne le percement du bassin des Docks, livré en 1861. Une seconde tranche de construction est engagée au nord du nouveau bassin, sur l’actuel quai des Antilles. Le principe d’implantation des bâtiments est le même que pour les magasins de la première tranche (deux alignements découpés par des rues), mais le projet porte cette fois sur quinze entrepôts monstres. Chaque bloc mesure 57 m de long sur 23 m de large et s’élève sur 3 étages (19 m de haut). Une rangée de 8 entrepôts du même type est réalisée au sud du bassin des Docks, quai de la réunion. En 1861, les Ponts-et-Chaussées remettent le bassin-dock, communiquant avec celui de L'Eure par un pertuis. Des enquêtes sont menées en 1862 auprès des docks de Lyon et de Marseille. En 1866, le hangar Vauban, long de 300 m, le bâtiment administratif dit pavillon des Docks, avec sa façade sur le quai de l'Eure et le Magasin libre sont édifiés. En 1868, les grandes cours vitrées sont inaugurées officiellement. Après une enquête auprès des docks de Saint-Nazaire, une deuxième tranche est entreprise en 1869 par l'ingénieur de la Cie, Alfred Nancy, pour décharger le rhum au quai de la Réunion. Un très grand magasin est construit à l'angle du quai Vauban. En 1873, les docks ont une surface de stockage de 5 ha, soit une capacité de 165 000 T. Les constructions se prolongent jusqu’en 1888 utilisant la moindre place disponible entre les deux bassins.

Les docks Vauban reçoivent à l’importation des produits exotiques tels que le coton, le sucre, les épices et surtout le café. Dès les années 1850, le Havre s’impose comme le premier port européen importateur de café (en provenance du Brésil notamment). Entre 1850 et 1913, le trafic passe de 10 000 à 100 000 tonnes. L’acheminement des grains jusqu’aux grands centres de négoce et de consommation, Paris notamment, est assuré par le train, les docks étant connectés au réseau ferré dès 1859. En 1937, 80% du café importé en France passe par les docks Vauban.

Alors que le port du Havre, à l’instar de la ville, est détruit à 85% pendant la Seconde Guerre mondiale, la compagnie des Docks-Entrepôts est relativement épargnée, s’il on fait abstraction des 8 entrepôts bâtis le long du quai des Antilles bombardés en 1942 par une escadre américaine, ainsi que du prestigieux Pavillon des Docks édifié en 1866 face au quai de l’Eure qui consistait en un grand bâtiment en brique de 17 travées sur trois étages et un comble à brisis dont le corps central abritant la salle de vente était surmonté d'un lanternon et du Magasin libre qui formait un demi-octogone à deux étages.

En 1953, le Port autonome du Havre reprend l’exploitation des quatre alignements de magasins situés sur la presqu’île Frissard. Mais les bâtiments sont progressivement désaffectés dès la fin des années 1960 lorsque se développe le transport conteneurisé et que de nouveaux quais adaptés aux porte-conteneurs et aux nouvelles techniques de manutention et de stockage sont mis en service. Les docks Vauban reçoivent leurs derniers sacs de café en 1991 et sont définitivement abandonnés dans les années 1990 et remis à la Ville en 1998. La réutilisation partielle des bâtiments avec l’installation du musée maritime et portuaire dans la partie nord et des instituts scientifiques de l'université du Havre dans la partie ouest ne permet pas d’éviter la lente dégradation du site.