La décision de détruire en 1983 l'aile du Pressoir, érigée au début du 20e siècle par Charles-Prosper Vaussy (1859- ?), permet de restaurer l'unité de la grande cour créée dans les années 1830 par l'architecte Émile Guy (1795-1866) pour l'Hôtel-Dieu. Aménagée en contrepoint de celle du cloître, elle est longtemps restée exempte de plantation ; elle en était également dépourvue du temps de l'abbaye où elle servait de basse-cour en arrière de laquelle se trouvait au nord un verger. D'après les sources du dernier quart du 18e siècle, en particulier les plans et descriptifs d'Armand-Bernardin Lefebvre et de Jean-François-Etienne Gilet, la cour du cloître est restée pareillement un lieu minéral. Elle était alors bornée à l'est par un passage marqué par un portail enjambant deux fossés secs. Il faut attendre l'établissement de l'hospice Saint-Louis pour que ces cours soient plantées d'arbres en alignement : deux alignements d'arbres au nord-ouest de l'aile du Pressoir apportant un peu d'ombre à ce qui fut un temps la cour de récréation des jeunes pensionnaires, ceux plantés au sud-ouest l'ayant été plus tardivement autour de 1970, six dans la cour du cloître et trois dans l'espace situé au-devant de l'aile sud des bâtiments conventuels, emplacement du cimetière des moniales d'après un plan de Jean-François-Étienne Gilet (1793). Ces arbres ont subsisté jusqu'en 1983.

Confié à la Ville de Caen (maître d'œuvre), l'aménagement de jardins réguliers dans les deux cours s'est déroulé en 1984-1985, en même temps que la réhabilitation des bâtiments conventuels, sur les plans de Georges Duval, Architecte en chef des monuments historiques en charge du Calvados (1975-1987). Il a fait l'objet de plusieurs marchés. Pour paver le sol de l'entrée de la grande cour, dite aujourd'hui cour d'honneur, et du portique, Georges Duval choisit des pavés de grès de récupération, type de pavés de rue (marché du 23 avril 1984), dont la dernière livraison a lieu le 5 juillet 1985. A la suite de l'appel d'offres du 5 septembre 1984, le lot 5, relatif aux espaces verts, est déclaré infructueux lors de la commission du 22 novembre courant, ce qui nécessite de recourir à la procédure négociée avec l'entreprise Simon (Clinchamps-sur-Orne) pour un montant de 360 096 F TTC. Une partie des travaux est sous-traitée à l'entreprise Martragny (terrassement, sablage, apport de terre, bordurettes, nivellement des allées…). Durant l'hiver 1984-1985, 10 000 pieds de buis de bordure sont plantés conformément au dessin établi par Georges Duval. Au mois de janvier 1985, les arbres de la cour du cloître n'existent plus mais le portail enjambant les fossés secs n'a pas encore été démoli. Par lettre de commande du 9 juillet 1985, le conseil régional confie la réalisation d'un bassin circulaire de la grande cour à l'entreprise caennaise Lefèvre qui en a dressé le devis en mai de la même année pour un montant à 145 223 F. Les travaux sont exécutés courant septembre et octobre sur les plans de Georges Duval (plan et coupe du 29 mai 1985) et de la Direction des services techniques de la Ville de Caen (plan du service eau et assainissement, J. Clementine, 6 juin 1985) qui en dresse le descriptif (21 mai 1985). La margelle est taillée en pierre calcaire de Chauvigny (Vienne).

La deuxième tranche d'aménagement du parking sud et des espaces verts "privatifs" du conseil régional débute en 1986. Elle concerne notamment le terrain précédent l'aile du sud du cloître, délimité par le mur de soutènement, et celui précédemment occupé par le bâtiment de néonatalogie (primitivement la pouponnière). Les travaux de terrassement et de voirie, et d'assainissement sont confiés respectivement à la SCREG et à Cochery-Bourdin Chaussé, les espaces verts le sont au groupement d'entreprise Saint-Martin - Les jardiniers du Cotentin, sous la maîtrise d’œuvre des services techniques de la Ville de Caen suivant l'appel d'offres du 5 octobre 1987. La réfection du mur de soutènement bordant la rue de Calix est réalisée suivant le marché du 14 décembre 1987 pour un montant de 283 930 francs (certificat de paiement du 7 janvier 1988).

Le projet de jardin autour du chevet de l'ancienne église abbatiale, connu par un plan du 30 mars 1987 montrant des carrés plantés séparés par des allées pavées, n'a pas abouti.

Par lettre de commande du 16 octobre 1995, l'entreprise S.E.V. Environnement aménage le talus en arrière de l'aile Sainte-Anne.