L'ensemble des 34 chapiteaux de la crypte forme un ensemble relativement bien préservé, daté par Maylis Baylé de la fin du 11e siècle (1090). Leur décor linéaire est révélateur d'un retour aux formes géométriques et stylisées qui marque progressivement la sculpture normande dans la seconde moitié du 11e siècle. Certains chapiteaux peuvent être rapprochés de ceux, légèrement antérieurs, de l'ancienne église Sainte-Paix de Caen, des églises de Graville-Sainte-Honorine et Saint-Jean d'Abbetot. Le chapiteau figuré est comparable au premier chapiteau nord de l'absidiole jouxtant le chœur (a 2). Sa sculpture fruste le rapproche de certains modillons de la Trinité. Serait-elle l’œuvre d'un atelier local ? Des représentations humaines se trouvent également dans la nef de Saint-Étienne de Caen, dans la chapelle Sainte-Paix de Caen, au clocher de Ver-sur-Mer et à Secqueville-en-Bessin.

Les chapiteaux de la crypte apparaîssent moins repris que d'autres et ont gardé une plus grande authenticité. En effet, la restauration de la crypte, engagée après 1860, n'a pas concerné, semble-t-il, les chapiteaux. Les quelques traces d'interventions relevées par l'historienne sont supposées antérieures et pourraient coïncider avec l'aménagement du tombeau des abbesses. Elles ont été repérées sur les bases des colonnes engagées, une partie de leurs assises et un chapiteau. Un dessin d'Augustus Charles Pugin (1762-1832), illustrant l'ouvrage Historical and descriptive essays... publié à Londres en 1828, atteste déjà ces modifications. Les interventions consistent essentiellement dans la restitution d'éléments tels que consoles (CR 12, 16, 18, 21, 24) et la réincision de motifs gravés (CR 8, 12, 24). L'une des faces de la corbeille du chapiteau CR 21 constitue une réfection moderne. La surface de plusieurs chapiteaux porte des stries (CR 8, 11), consécutivement à des opérations de grattage avec un outil du type chemin de fer, ou est partiellement bûchée (CR 1, 25, 29, 31). Certains chapiteaux ont été tronqués et retaillés (CR 12, 18). Un seul chapiteau est entièrement moderne (CR 5).