La ferme se compose de bâtiments d'époques différentes. Les plus anciens, contemporains de la construction du logis manorial par Jehan de Courboyer au tournant du XVIe siècle, se situent aux extrémités du plan en "L" et comprennent d'une part, le logis du fermier au nord et d'autre part, une étable et une vaste grange en fond de basse-cour à l'est. Entre ces deux corps de bâtiments ont été construites les étables et écuries à compter de la date de conversion du domaine en ferme d'élevage au début du XIXe siècle, alors propriété de Pierre-Louis-Jacques-François de Mésenge, seigneur de La Grossinière à Courgeoût dont le chartrier en relate la gestion. Quelques années avant sa mort, survenue en 1843, il procède au partage de ses biens entre ses deux fils. Son cadet hérite du lot contenant Courboyer qui échoit ensuite, via sa fille Mathilde, à son petit-fils, Fernand de Romanet de Beaune, cousin d'Olivier de Romanet, fondateur en 1900 de la Société percheronne d'histoire et d'archéologie. Au cours de la seconde moitié du XIXe siècle, les exploitants agricoles deviennent progressivement propriétaires des terres de Courboyer : Jean Bothereau, au cours d'une vente partielle en 1873, et les époux Guimond, lors d'un échange avec la ferme de La Huberdière à Feings en 1877. Les dépendances agricoles connaissent durant cette période des modifications, notamment dans les ouvertures, de nouvelles étant percées en façade postérieure initialement aveugles, tandis que de nouveaux bâtiments sont construits sur le flanc septentrional de la basse-cour. Le manoir de Courboyer continue de susciter l'intérêt des "antiquaires" grâce à l'action conjointe d'Olivier Romanet de Beaune et de son condisciple à l’École des chartes, Henri Tournoüer, propriétaire voisin du château de Saint-Hilaire-des-Noyers et président de la Société historique et archéologique de l'Orne (SHAO). Contrairement au logis manorial et à la chapelle, les parties agricoles ne font pas l'objet de relevés par l'architecte Charles Wable (1846-1908) en 1892-1893.

Lorsque le comité syndical du Parc naturel régional du Perche se porte acquéreur du site de Courboyer le 11 septembre 1999, décision est prise d'installer l'équipe du Parc s'installe dans les bâtiments de la ferme. C'est l'agence de l'architecte Patrick Mauger qui est chargée de mener les travaux de réhabilitation en tentant de concilier le respect de la typologie extérieure et la création contemporaine dans l'aménagement intérieur. Depuis le 12 septembre 2003, l'ancienne ferme regroupe l'accueil touristique, la boutique, le restaurant, les salles de réunion et les bureaux du parc naturel régional du Perche.