Président de l'association Terres Vivantes en Normandie, Alain Joubert est l'un des fondateurs du Parc naturel régional des Boucles de la Seine Normande, créé sous l'appellation Parc de Brotonne en 1974 au Trait. Élève de Georges-Henri Rivière, il est à l'origine de la mise en place du réseau de l’Écomusée de la Basse-Seine constitué autour de plusieurs sites autour de Routot, Hauville et La Haye-de-Routot, de la maison des métiers à Bourneville et du musée de la Marine de Seine à Caudebec-en-Caux. Il est également l'auteur d'une thèse intitulée L'autre côté de l'eau qui s'interroge sur la barrière mentale que représente la Seine pour les communautés installées de part et d'autre des rives du fleuve. Un résumé en a été publié dans le n° 43-4 de Etudes normandes, 1994, p. 5-66.

Après avoir longtemps travaillé au sein du Parc naturel régional (installé au début des années 1990 à Notre-Dame-de-Bliquetuit) à la constitution d'une collection d'objets ethnographiques, d'une photothèque et d'un fonds sonore composé d'une centaine d'entretiens oraux, il a assumé en qualité de conservateur du patrimoine la direction conjointe des sites de la Corderie-Vallois à Notre-Dame-de-Bondeville et du château-musée de Martainville (76).