Le 26 juillet 1866, le journal caennais L'Ordre et la liberté annonce que le curé de Saint-Gilles "vient de doter l'église de Sainte-Trinité, qui est devenue celle de sa paroisse, de deux tableaux d'une grande dimension, œuvre de Cornelius Schutz", représentant l'Adoration des Mages et le Massacre des Innocents, "qu'un ecclésiastique d'un goût éclairé et d'une grande expérience en peinture, qui a rendu de longs et dévoués services au diocèse" a acquis lors de son dernier séjour à Rome. Il donne leur prestigieuse provenance, la collection Giustiniani dont ils portent encore les armes, sans toutefois spécifier leur localisation, aujourd'hui disparues ou masquées. Si l'article ne précise pas s'il s'agit d'un don ou d'un achat, le premier étant plus vraisemblable la paroisse n'ayant pas les moyens d'acquérir des œuvres d'une telle valeur, il indique que ce prélat a constitué une riche collection mise en vente à Caen, dont une partie des tableaux a déjà été déposée chez le photographe Alfred Royer, domicilé à ce moment-là chez ses parents 41 rue Saint-Jean. Mgr Didiot, évêque du diocèse de Bayeux et Coutances (1856-1866), pourrait être ce collectionneur éclairé et généreux donateur de l'église Saint-Gilles peu avant son décès survenu le 15 juin 1866. Dans son Eloge funèbre prononcée en l'église cathédrale, l'abbé Germain indique que le prélat, "puissant en vertus et puissant en œuvres", s'est rendu par deux fois à Rome, non pas pour voir "les merveilles de la Rome antique et moderne" mais "pour rendre compte de quatre années d'administration", soit vers 1860, et deux ans plus tard à la demande du pape Pie IX. Un autre journal caennais, Le Bonhomme normand, s'étend assez longuement sur le décès de Mgr Didiot, ses funérailles et son successeur mais n'évoque pas en 1866 la donation à l'église Saint-Gilles, ni la vente de la collection d'un ecclésiastique amateur d'art.

La présence des deux tableaux dans l'église Saint-Gilles est effectivement attestée dès 1866 par l'architecte Ruprich-Robert qui est alors en désaccord avec la paroisse sur l'usage qu'elle fait de l'édifice dont il vient d'achever la restauration. Il conteste notamment l'accrochage de deux grands tableaux dans une lettre datée du 20 juillet 1866 adressée au Ministre de la Maison de l'Empereur et des Beaux-Arts, au motif "qu'ils masquent l'admirable architecture dont on s'efforce chaque jour de faire renaître les belles formes". Si l'architecte ne précise pas leur sujet, il y a tout lieu de penser qu'il s'agit bien des deux seules grandes toiles présentes dans l'église qui en compte alors cinq au total d'après la fabrique (lettre du 19 août 1866 au préfet). La supplique de l'architecte pour extraire l'ensemble des objets apportés par la fabrique pour meubler l'édifice récemment rendu au culte, en 1865, trouve un écho favorable auprès de l’État (lettre du ministre au préfet le 10 décembre 1866). Il est fort probable que les deux grands tableaux n'aient pas quitté l'édifice et leur emplacement actuel, la deuxième travée de la nef, du fait de leur format et du manque de surface disponible pour les accueillir. Mentionnés dans l'inventaire des biens dépendant de la mense curiale de l'église Saint-Gilles de Caen en 1906, consécutif à la loi de séparation des églises et de l’État, les deux œuvres sont classées au titre des monuments historiques peu après, par arrêté du 14 avril 1908.

La provenance des deux tableaux qui forment un pendant est désormais bien connue. En 1960, l'historien de l'art Luigi Salerno (1924-1992) les attribue d'abord au peintre Cornelis II Bloemaert dit le Jeune (1603, Utrecht - 1692, Rome). Il revient à Pierre Rosenberg d'avoir identifié le premier le peintre derrière ce nom courant à Rome au 17e siècle, Cornelio Fiammingo, grâce à la découverte du dessin préparatoire au Massacre des Innocents (Yale University Art Gallery) en 1971. D'autres dessins préparatoires (Monaco, Graphische Sammlung München, New Haven), précédemment attribués à Nicolas Poussin et redonnés à Schut par P. Rosenberg, et un bozzetto (Princeton, University Museum) à l'huile, permettent de connaître la genèse du Massacre des Innocents, contrairement à son pendant dont il n'a été retrouvé à ce jour aucun dessin préparatoire.

Les recherches menées plus récemment par le Professeur Silvia Danesi Squarzina sur la collection Giustiniani (1994-2000) ont permis d'accréditer l'appartenance des deux tableaux caennais à cette collection prestigieuse. Elles retracent précisément le contexte de leur commande. Cornelis Schut (Anvers, 1597-1655) arrive dans les premières années de la décennie 1620 à Rome pour y effectuer un long séjour, attesté de 1624 à 1636, durant lequel il collabore avec un compatriote, le peintre Timan Arentsz Cracht, au casino Pescatore à Frascati. Il participe à la fondation du groupe des "bentvueghels", une confrérie rassemblant essentiellement des artistes soucieux de perfectionner leur art et qui offre aux expatriés des Pays-Bas du Nord et du Sud un lieu de sociabilité. Intronisés suivant un rituel précis, au cours duquel ils reçoivent un surnom - Schut est surnommé "sac à pain" -, ils partagent une communauté de vie, privilégiant les quartiers de certaines paroisses, en l'occurrence celles de Santa Maria del Popolo et de San Lorenzo in Lucina. C'est au cours de ce séjour qu'il fait la connaissance d'une figure incontournable du mécénat romain, le marquis de Bassano, Vincenzo Giustiniani, qui lui commande au début des années 1620 deux grands tableaux sur des sujets qu'affectionnent à cette époque les grandes familles princières ou de la bourgeoisie commerçante. Un second paiement intervient vers 1625. Ils sont destinés à décorer le palazzo du grand amateur de peintures italiennes et nordiques, situé à proximité de l'église Saint-Louis-des-Français, où il héberge quelques artistes comme Cornelis Bloemart. D'après le Professeur Silvia Danesi Squarzina, Schut a peut-être été brièvement hébergé par l’illustre famille, après avoir été emprisonné "pour effusion de sang", en échange de la réalisation de deux tableaux (2003, vol. 2, p. CXVII). Il y demeure peu de temps pour s'installer ensuite dans la paroisse Santa Maria del Popolo, via Margutta, où sa présence est certaine dès 1628 jusqu'à son départ de la ville éternelle, en 1636. Les deux toiles sont recensées à l'étage noble du palais avec leurs dimensions sous les numéros 14 ("Un quadro grande con l'adoratione de Magi dipinto in tela alta palmi 14. 1/2 larga 10. in circa [di mano di Cornelio, pittor fiammengo] senza cornice") et 4 ("Un quadro grande con l'historia dell'occisione de gl'Innocenti dipinto in tela alta palmi 14 larga 10 incirca [di mano di Cornelio Fiammengo] senza cornice") dans la première partie de l'inventaire post mortem de la collection du prince, en 1638, qui indique qu'elles sont dues à un certain Cornelio Fiammingo. Les deux tableaux sont ensuite mentionnés dans l'inventaire post mortem du prince Andrea Giustiniani (1667) et dans celui de Carlo Benedetto Giustiniani (1680) qui, par une annotation, indique que chaque peinture était distinguée par un numéro rapporté sur le bord : pour l'Adoration des Mages, le numéro 14 est marqué in fondo al telaro ("en bas du rideau"). Seul le Massacre des Innocents est recensé dans l'inventaire établi en 1793 par Pietro Angeletti, sous le numéro 17, en revanche les deux toiles apparaissent dans la reconstitution de l'inventaire établi par Gaspare Landi en 1812-1816 sous les numéros 108 (Adoration des Mages) et 104 (Massacre des Innocents). Dans l'inventaire post mortem du prince Leonardo Benedetto Giustiniani, dressé en 1857, les tableaux sont localisés dans le salon dont la voûte a été décorée par les frères Zuccari, sous ces mêmes numéros. Lors de la succession familiale, seul le Massacre des Innocents apparaît dans le catalogue de la vente des peintures organisée le 13 avril 1859, sous le n°4. C'est très certainement à cette occasion que le prélat caennais, de passage à Rome, l'acquiert. Les conditions d'achat du pendant (Adoration des Mages), vraisemblablement acquis à Rome au même moment, restent à préciser. Son absence de la vente de 1859 surprend alors qu'il faisait encore partie de la collection deux ans auparavant.

Après avoir été exposé en l'an 2000 avec son pendant au musée des Beaux-Arts de Caen, l'Adoration des Mages a été raccroché dans l'église de la Trinité. Le Massacre des Innocents, demeuré plusieurs années dans les réserves, a été replacé face à son pendant à l'occasion de la célébration du 950e anniversaire de la consécration de l'ancienne église abbatiale en 2016.