La commune de la Fontelaye est aujourd’hui connue pour sa charmante église, située au bord de l'eau, dans un cadre arboré, et l'importante figure d’Isaac du Mont de Bostaquet dont la réputation, grâce à l'édition de ses mémoires, a aujourd’hui dépassé les frontières nationales. Des protestants du monde entier viennent en effet visiter les terres où vécut cet acteur de la réforme qui habita le château de la Fontelaye vers la fin du 17e siècle.

Implantée dans la vallée de la Sâane, non loin de la source, La Fontelaye est connue par les archives depuis 1210 (H. Fr. XXIII, 641). Le nom peut s’entendre littéralement, en ancien français, comme forêt de hêtres ou hêtraie (foutel, hêtre ; laye, forêt ou sente dans la forêt). Il est orthographié parfois La Fontelée au 14e et 15e siècles ou La Fontelleye au tout début du 15e siècle. Toussaint-Duplessis note en 1740 : "Je trouve dans quelques titres assez anciens Fonte-laie en deux mots. Or lai signifie large ; & en ce cas-là ce seroit fons largus : ou un grand chemin percé dans une forêt, comme dans S. Germain-en laie." (Toussaint-Duplessis p. 495).

La mention de la paroisse Saint-Martin apparaît en 1403. Beaucousin décrit ainsi le partage des terres sur la commune en 1503 : "1/8 de fief de Champ-Raoul à Saint-Martin de la Fontelaye ; 1/4 de fief de Bostaquet à la Fontelaye, fief de Vibeuf assis à la Fontelaye, 1/4 et 1/8 de fief tenus du Sr De Traversain à la Fontelaye". Isaac de Bostaquet (1632-1709) achète pour 72 700 livres la terre de la Fontelaye en 1660.

La Fontelaye, petite commune rurale de moins de 400 hectares a vu sa population décliner tout au long des 19e et 20e siècle. De 192 habitants en 1793, il ne reste en 2013 que 35 habitants. Nombre de maisons ont disparu des hameaux entre 1811 et 1882. La population, vivant essentiellement de l'activité agricole et du tissage a commencé à décroitre dans la seconde moitié du 19e siècle. La ferme du Château Roux, celles du bout de Bourdainville ont ainsi totalement disparu, le nord de La Rue de la Fontelaye, s’est également désertifié, entrainant la disparition de l’un des deux moulins présents sur la Sâane. L'abbé Cochet note en 1850 : "c'est aujourd'hui une commune de 150 habitants, annexée à Varvannes". En 1882, on dénombre trente-cinq logis et deux moulins dans la commune. Le maintien de l’activité agricole a amené quelques transformations notables à la Ferme du Bostaquet, mais dans l’ensemble peu de constructions nouvelles ont vu le jour depuis la seconde moitié du 19e siècle.

Les noms des hameaux et lieux-dits se sont parfois transformés entre le début du 19e siècle et nos jours : Le Hadelamare du 19e siècle, mentionné Le Har de la Mare sur la carte de Cassini (1757) est devenu le Haudelamare. et La Sietterie et devenu la Fizetterie.

Aujourd'hui, le territoire de la commune est essentiellement occupé par des terrains agricoles, mais également de beaux massifs forestiers préservés.