La précédente église Saint-Germain se situait au sud-ouest de l’église actuelle. Elle possédait un plan semblable à l’église de Bellou-en-Houlme, son clocher-porche portait la date de 1720. Devenue trop petite pour accueillir la population de Flers, le conseil municipal vote, le 25 janvier 1895, la construction d’un nouveau lieu de culte. Dans un premier projet il était proposé la construction d'un édifice identique à l’église Notre-Dame de Cholet, de l’architecte Alfred Tessier, de Baupréau. Pour cela, la municipalité contacte l’architecte et récupère les plans. Cependant, l’État refuse de financer le projet et le Comité des Inspecteurs Généraux des édifices diocésains considère que ce monument est trop grand pour une ville comme Flers et qu’il n’est pas possible de copier une église déjà existante. Ce premier projet est donc abandonné. Deux membres de la société des architectes français, Wallons et Roux, interrogés par le nouveau maire de Flers, proposent d'organiser un concours, ouvert en 1901. C’est le projet de Paul Hulot, architecte parisien, qui est retenu parmi les soixante-cinq candidatures. L’église est construite à partir de 1910. Pour laisser la place à l’imposant monument, l’hôtel de ville est abattu. Les travaux sont conduits par deux entrepreneurs de Flers, Guittiers et Lecouturier. La construction est financée par des fonds privés réunis par la société l’Immobilière de Flers. Le monument est béni en 1922. La même année, l’ancienne église est détruite par la commune. Pour des questions financières, les deux tours du massif sud sont construites quelques années plus tard, entre 1936 et 1937. Une kermesse dite des clochers est organisée pour contribuer à leur constructions. Dans le projet initial, les deux tours devaient être surmontées d’une flèche en maçonnerie, finalement abandonnées, faute de moyens. L’édifice subit de nombreux dégâts lors de la Seconde Guerre mondiale. Les premiers vitraux réalisés en 1910 par le maître-verrier Charles Lorin, sont notamment détruits. La rosace du massif commandée avant guerre au maître-verrier Jean Chaudeurge est installée à l'issue du conflit, les autres vitraux sont réalisés par Chaudeurge puis, après son décès, par Jacques Le Chevalier. L'édifice, restauré par l’architecte Pierre Meurice, est rendu au culte en 1960.