Nichée dans un écrin boisé, l'église Saint-Pierre porte le nom du patron des pêcheurs comme comme l’indique la présence de graffiti marins sur les parements extérieur (sud du chœur et sud-est du chevet), servant d’ex-voto pour éloigner les dangers de la navigation auxquels ils étaient exposés.
Ancienne paroisse du doyenné de Saint-Georges. L’édifice est mentionné dans les sources dès le 13e siècle lorsque le chevalier Richard de Villequier partage son domaine entre ses trois fils, créant Bébec, Touffreville et Villequier. D’après Cochet, en 1225, les archives de Saint-Wandrille parlent de Guillaume de Buibec, fils de Richard de Villequier, et en 1239 d’un Robert de Buiebec, fils de Guillaume et d’autres encore. le nom de Bébec apparaît sous différentes variantes, Buibec ou encore Buebec dans les textes, et plus précisément dans des chartes délivrées à la commanderie de Sainte-Vaubourg. Le nom, d’origine scandinave qui signifie « ruisseau », fait probablement référence à la résurgence d’un petit cour d’eau situé en fond de vallée.
Deux confréries ont été créées dans l’église, l’une en 1502 dédiée aux saints Pierre et Etienne et l’autre en 1517 au très Saint-Sacrement du Corps du Christ.
Réédifiée au début du 16e siècle en pierre de la vallée de la Seine, l’église Saint-Pierre de Bébec est rattachée à Villequier le 3 septembre 1823.
Abandonnée de nombreuses années dans la seconde moitié du 20e siècle, l'église menaçait ruine. Pour engager des réparations urgentes de la toiture et du gros œuvre, elle obtient en 1988 un secours conséquent de la Sauvegarde de l’Art français (80 000 F). Les restaurations s'enchainent ensuite sous la direction de l'architecte Lahure et l'édifice est finalement sauvé en 1990. Les entreprises Lanfry (pierre de taille et couverture), Bouclon (couverture), Blanchet (vitraux) et Biard-Roy (horloges et cloches) ont participé aux différents travaux de réfection (couverture et charpente de l’abside, clocher et sa tourelle, beffroi, croix et du coq, menuiseries du porche et porte de la sacristie, contreforts, vitraux et cloche). Cette vaste opération a été inaugurée avec le baptême du coq et les festivités se sont déroulées en présence de personnalités civiles comme le conseiller général Henri Malou. Depuis les années 1960, l’église était le lieu de réunion pour la Fête de la Moisson lors de laquelle elle était décorée.
Dans le cimetière, outre le socle de la croix de cimetière, en grès, du 16e siècle, on remarque un petit enclos protestant, dans lequel subsiste deux tombes orientées à l’inverse des autres et autrefois séparées par un chemin, selon les dispositions prévues à l’article 15 du décret du 23 prairial an XII : « Dans les communes où l’on professe à plusieurs cultes, chaque culte doit avoir un lieu d’inhumation particulier et dans le cas où il n’y aurait qu’un seul cimetière, on le partagera par des murs, haies ou fossés, en autant de parties qu’il y a de cultes différents avec une entrée particulière pour chacune et en proportionnant cet espace au nombre d’habitants de chaque culte. ».
Le cimetière de Bébec compte une trentaine de tombes dont celle de Pierre Laurent, (1898 – 1967) poète couronné à deux reprises par l’Académie française. Son œuvre majeure, Villequier, Pays des Roses, a été publiée en 1955. Deux clandestins anonymes, qui s’étaient jetés d’un cargo algérien et qui s’étaient noyés, ont été retrouvés à Villequier dans les années 70 : la commune avait alors décidé de les enterrer dans le cimetière de Bébec, au bout du cimetière protestant.
L'église appartient aujourd'hui à la commune nouvelle de Rives-en-Seine, à laquelle a adhéré, en 2016, la commune de Villequier et a obtenu le label « Patrimoine Rural de la Seine-Maritime » en 2021.
Chercheuse associée au Parc naturel des Boucles de la Seine Normande depuis 2014, en charge de l'inventaire du patrimoine bâti et des éléments de paysage associés.