Cette ancienne église paroissiale de la commune de Cuy pourrait dater du XIe siècle comme en témoigne l'appareillage en opus spicatum encore visible sur la tour-clocher. Dans le premier quart du XIIIe siècle, l'église est donnée à l'abbaye d'Ardenne, près de Caen, par l’évêque de Sées. En 1330, la donation est confirmée par le seigneur de Cuy, Jean de Tilly. Au XVIIe siècle, la chapelle de la Vierge est construite à l'initiative du baron de Cuy. Entre 1745 et 1763, de nouveaux retables sont installés dans le chœur et dans la chapelle. La construction du porche à l'entrée de l'église date également du XVIIIe siècle. La chapelle est restauré en 1848-1850. De nombreux travaux de restauration ont lieu sur l'édifice à partir de la seconde moitié du XXe siècle. En 1964, l'église est mise hors d'eau grâce à une collecte de fonds des habitants de Cuy et aux subventions de l’État. Cependant, la commune d'Occagne n'a pas la capacité financière d'entretenir son église paroissiale et l'église de Cuy. Dans l'objectif de sauver ce monument, l'église est inscrite au titre des Monuments historiques le 14 octobre 1970. Cette même année, le porche du portail occidental est refait par le collège technique d'Argentan. La sacristie est détruite et les boiseries détériorées retirées. En 1985, la toiture du clocher est refaite. En 1993, des travaux de maçonnerie sont réalisés sur la chapelle sud. La toiture de cette chapelle est restaurée en 2011. Les derniers travaux effectués sur l'édifice concernent le mur pignon du chevet.