Suite aux nombreuses destructions et modifications dont le bâtiment a fait l'objet depuis sa création, le mobilier de l'ancien hospice Napoléon III se présente dans un état très lacunaire. Si les objets liturgiques de l'ancienne chapelle Saint-Louis, détruite à la fin des années 1980, ont été transférés dans leur intégralité au dépôt de la Conservation des Antiquités et Objets d'art à Saint-André-de-Bohon (Manche), le reste du mobilier, composé pour l'essentiel de meubles de rangement ainsi que de quelques instruments médicaux, demeure dispersé dans l'ensemble du bâtiment. Outre le traditionnel portrait de Napoléon III d'après Winterhalter, l'hôpital conserve un témoignage historique particulièrement digne d'intérêt : l'auge, le marteau, le niveau et la truelle ayant servi à la pose de la première pierre le 20 novembre 1859.