Objet d'un bail en 1586 entre Jacques Leboucher, sieur de Flavigny, et Gilles Guesdon, le moulin de Flavigny comprend alors un moulin à blé et un moulin à orge. Passé par alliances matrimoniales et héritages aux Macé, puis aux de la Ferrière, il est exploité au 18e siècle par la famille Hallot, dont Pierre, qui réunit vraisemblablement le moulin à orge au moulin à blé entre 1760 et 1770, dotant celui-ci de deux roues hydrauliques, puis par les Mouget. Ces derniers en deviennent propriétaires sous la Révolution, suite à la confiscation des biens de Siresmes de la Ferrière. Acquéreur du moulin en 1880, Magloire Leroyer réalise deux ans plus tard d'importants travaux de modernisation, convertissant l'établissement à une mouture à l'économique avec l'installation d'une bluterie. A la fin du 19e siècle, le moulin de Flavigny occupe quatre à cinq personnes suivant les saisons. Exploité par Louis Leroyer, il produit quotidiennement cinq quintaux de farine en 1918. Il faut attendre les travaux entrepris en 1935 par Eugène Bouchard, son gendre, et la mise en place de nouveaux équipements de broyage, convertissage et tamisage livrés par les établissements Ph. Lafon de Tours, pour qu'il soit adapté entièrement à la méthode dite de mouture à l'anglaise. Il développe alors une capacité d'écrasement de trente quintaux de blé par jour, une seule roue assurant désormais l'entraînement des machines. Cependant, son contingent est fixé à 6 570 quintaux de blé par an, bien en deçà de sa capacité effective. Les dommages de guerre sont employés à l'édification "d'un moulin neuf" sur les bases de la charreterie. Mais faute de financements suffisants, celui-ci ne sera jamais achevé. André Bouchard continue à moudre une farine de bonne réputation pour les boulangers des villages voisins et quelques Caennais, puis "à façon", avant de cesser son activité en 1983.